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openSUSE:Medical packaging bio

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Biology Pakete für Mikrobiologie

Dieses Metapaket wird openSUSE-Pakete mit Bezug zu Molekularbiologie, Strukturbiologie und Bioinformatik für den Einsatz in den Biowissenschaften installieren.

Packagename (link points to full description) Description
Acedb-other This package collects all those smallish applications that acedb collects under its 'other' target of its Makefile. efetch: presumably short for 'entry fetch' collects sequence information from common DNA and protein databases.
Acedb-other-belvu For the analysis of biological sequences, a general principle is to corresponding regions between related proteins, RNA or DNA. Written next to each other, corresponding positions above each other, one has prepared an alignment. Belvu is best known for its perfect implementation of the Stockholm format of multiple sequence alignments, since upstream is maintaining that. That is for instance used in the Pfam and Rfam databases.
Acedb-other-dotter For the analysis of biological sequences, a general principle is to corresponding regions between related proteins, RNA or DNA. Dotter displays graphically the similarity of DNA or protein sequence to itself or another sequence.
Adun.app Adun ist ein Simulator für Biomoleküle, der zusätzlich die Fähigkeiten für Datenverwaltung und -analyse mitbringt. Adun wurde am »Computational Biophysics and Biochemistry Laboratory«, einem Teil der »Research Unit on Biomedical Informatics« der UPF entwickelt.
Alien-hunter Die Anwendung alien_hunter sagt vermutlichen Horizontalen Gentransfer (HGT) mit der Implementierung der Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs) voraus. Ein IVOM-Ansatz nutzt ergänzende Tendenzen mittels variablen Anordnungen von Sequenzmotiv-Verteilungen und entdeckt verlässlicher die lokale Zusammenstellung einer Sequenz verglichen mit Methoden mit fester Anordnung. Optional können Voraussagen überführt werden in ein Hidden Markov Model (HMM) zweiter Ordnung mit zwei Zuständen, um die Lokalisierung der Grenzen der vorausgesagten Regionen zu optimieren. Die Voraussagen (embl-Format) können automatisch in den Genombetrachter Artemis geladen werden. Er ist frei unter http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ verfügbar.

Das Manuskript mit der Beschreibung des »alien_hunter«-Algorithmus ist verfügbar in Bioinformatics: Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands. Vernikos GS, Parkhill J Bioinformatics. 2006;. PMID: 16837528

Altree ALTree wurde für Phylogenie-basierte Analyse entworfen. Zum Einen ermöglicht sie die Entdeckung einer Beziehung zwischen einem untersuchten Gen und einer Krankheit, zum Anderen wird eine Hypothese über die Anfälligkeit möglich.
Amap-align AMAP ist ein Kommandozeilenwerkzeug, um mehrfache Alignments von peptidischen Sequenzen durchzuführen. Es verwendet »Posterior-Dekodierung«, ein Alignment durch Sequenz-annealing, anstelle der traditionellen fortschreitenden Alignmentmethoden. Es ist das einzige Alignmentprogramm, das erlaubt, den Empfindlichkeit-/Genauigkeits-Kompromiss zu kontrollieren. Die Software basiert auf dem Quellcode von ProbCons, verwendet aber metrische Alignmentgenauigkeit (alignment metric accuracy) und beseitigt die Konsistenz-Transformation.

Das Java-Visualisierungswerkzeug von AMAP 2.2 ist noch nicht als Debian-Paket erstellt.

Autodock AutoDock ist ein erstklassiger Vertreter von Programmen zur Simulation einer Bindung relativ kleiner Liganden an verhältnismäßig große Rezeptor-Proteine. In vorhergehenden Versionen waren die Liganden sehr flexibel, während das Protein dagegen sehr starr behandelt wurde. Die aktuelle Version 4 erweitert die Flexibilität auf ausgewählte Seitenketten an der Oberfläche des Proteins, berücksichtigt also auch Rotamere.

AutoDock vollzieht die Bindung des Liganden an einer Auswahl von Gittern, die das Zielprotein beschreiben. AutoGrid berechnet diese Gitter vorab. The package is enhanced by the following packages: autogrid